科研体系建立和健全是企业科研开发工作有序运行的保证。上药集团现拥有中央研究院和事业部两个层面的药物科研体系，国家级、市级技术中心等科研开发机构十余个，集中了以院士为首的上千名专业技术人员，致力于原创药研发和药品二次开发。
上药集团的科技研发体系是由两级新产品研发机构、三个技术创新层次所组成。
两级新产品研发机构是指上药集团中央研究院和事业部研究所（技术中心）的两级研发分工体系，上药集团中央研究院主要从事产品原创开发和创新开发；事业部研究所（技术中心）主要从事产品创新开发、仿制开发和工艺改进。
三个技术创新层次是包括上药集团中央研究院、事业部研究所（技术中心）和事业部各分厂中试室这三级技术创新和保证机构。此技术开发体系将为学术营销和海外产品认证提供工艺技术和技术管理的支持。
上药集团建立的中央研究院位于上海张江药谷内。在近阶段，新药研发在“仿创结合，从仿制走向创新”的总方针指引下，以me-too/me-better药物的开发为切入点，整合利用国内外科技资源，加大自主开发的力度，面向国际国内两个市场，力求在心脑血管药物、代谢系统疾病药物、抗肿瘤药物等领域有所突破，在小分子化合物药物、基因工程蛋白药物、天然药物等方面形成自主创新的能力，能够争取在一定的时期内，开发出具有自主知识产权的新药新产品。 |