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1996年
1996年10月，政企分开，由原上海市医药管理局所属企业整体转制成立国有独资的“上海医药（集团）总公司”。
2000年
2000年9月，通过资产重组进一步改制成为由上海华谊（集团）公司与上海工业投资（集团）有限公司分别拥有50%股权的“上海医药（集团）有限公司”。
2002年
2002年8月，中国华源集团以11亿元的现金，收购上海华谊集团与上海工投集团各占上药集团总股本20%的股权，取得上药集团40%的股权；上海华谊集团与上海工投集团仍各拥有上药集团30%的股权。同时，新的股东会决定中国华源集团、上海华谊团、上海工投集团按4:3:3的比例向上药集团增资扩股，使上药集团的注册资本由原来的29.92亿元增至31.58亿元。
2008年
2008年7月，上海市国有资产监督管理委员会调整上药集团股权，将上海华谊（集团）公司、上海工业投资（集团）有限公司各持有的上海医药（集团）有限公司30%股权调整给上海上实（集团）有限公司。12月28日，上药集团新的法人治理结构建立，标志上药重组第一阶段目标成功实现。
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